Bizans'taki adı Barbyzes olan derenin kenarına Pissa ismiyle kurulur. Köy ve civarında yapılan çeşitli kazılarda çıkan taşlardan köydeki yerleşimin Roma dönemine uzandığı söylenebilir. Bu bölgeden Roma dönemi mezar taşları çıktığı gibi, derenin Haliç ile birleştiği ve Alibey deresi ile üçgen bir tepe yaptığı bölgede bir temel kazısı sırasında antik çağa ait büyük bir mabed ortaya çıkarılmıştır. Sözkonusu eserler halen İstanbul Arkeoloji Müzesi’ndedir.

Bizans döneminde burada dere kıyısında kağıt atölyeleri bulunduğu için Osmanlı döneminde adına ''Kağıthane'' denmiştir. Sözkonusu kağıt imalathanelerinin II. Beyazıd dönemine kadar kullanıldığı hatta 2. Beyazıd’ın vakfiyesinin yazıldığı ''İstanbulin Kağıdı'' isimli kağıdın burada imal edildiği tahmin edilmektedir.

Evliya Çelebi(1655) zamanına kadar bu atölyelerinin kalıntılarının bulunduğu seyahatnamede belirtilmektedir. Evliya Çelebi, Kağıthane'yi; ''İki yüz kadar bağlı evler vardır. Bir de Dâye Hatun'un mübârek câmii vardır. Lâtif bir hamamı ve yirmi kadar dükkânı vardır. Kefere zamanında, burada kağıt yapımınıa mahsûs kârgir kubbeli 'Kağıthâne' varmış. Hâlâ su dolaplarının biri, Dâye Hatun Câmiinin altında görünür. Harab ise de ufak bir tamir ile baruthâne olması mümkündür. Bu yerde nehrin iki yakasında, tâ tahta köprüye varıncaya kadar uzanan büyük çınarlar vardır ki, herbiri göklere uzanmıştır.'' tarifiyle aktarmaktadır.

19. yüzyılda eczane, postane gibi yerleri bulunmayan köyde 20. yüzyılın ilk yarısında da ağırlıklı olarak hayvancılık ve yanısıra tarım yapılmaktadır. Daye Hatun Camii'nin yanında köyün ''Sıbyan Mektebi'' vardır. Ayrıca din dersi verilen bir başka merkez daha vardır. Mevcut karakolhanesinden başka 2. Abdülhamid zamanında yapılmış bir de süvari karakolu vardır. (Şimdiki Sadabad Polis Merkezi) Arşivlerde çeşitli fotoğrafları bulunan hastanesinden hiç bir iz günümüze kalmamıştır. 1914 itibarıyle köyün yanından çift hat bir dekovil hattı geçmektedir. Köydeki lokomotif durağının ismi ise ''Enver Paşa İstasyonu''dur. İstasyonun hemen arkasında İttihat Terakki zamanında saraydan dönüştürülen Küçük Zabit Mektebi’nde ise 1970'lere kadar 70. Piyade Alayı bulunmaktadır.

''Cendereciler'' tabir edilen aile, köyde yaşayan bir grup Rum nüfusla birlikte Kağıthane'nin en eski sakinlerindendir. 19. Yüzyılın sonu ve 20. yüzyılın başlarında köye Balkan göçmeni aileler yerleştirilir.

Yine köy içinde bir Roman mahallesi mevcuttur. Mahalle 1934’te çıkan yangında tamamen yanınca Romanlar köyden ayrılır.

İki mezarlığı, tespit edilebilen altı çeşmesi, iki ayazması, iki değirmeni, üç bakkalı, bir hamamı vardır. Bunlardan bir kısmı günümüze kadar gelememiştir. Köy, şimdilerde Merkez Mahallesi olarak anılmaktadır.